Trần Thượng Xuyên được lịch sử xác định là người có công lớn trong công cuộc khai phá và xây dựng vùng đất Đồng Nai-Gia Định. Công đức to lớn của ông được nhân dân ghi tạc, tôn thờ và xem ông như vị thần đã khai sáng vùng đất này.

Mặt khác, Trần Thượng Xuyên còn là một dũng tướng thao lược của chúa Nguyễn. Ông đã nhiều lần cầm binh đánh dẹp Cao Miên, giữ an bờ cõi, mở rộng biên cương nước Việt. Chính vì vậy, chúa Nguyễn đã ban danh hiệu cao quý Nguyễn vi vương, Trần vi tướng, đại đại công thần bất tuyệt. Các vua Minh Mạng, Thiệu Trị đều phong ông làm "Thượng đẳng thần".

Để tỏ lòng ngưỡng mộ và đền đáp công ơn người đã có công tổ chức khai phá, mở mang vùng đất Đồng Nai-Gia Định, nhân dân ở những nơi này gọi Trần Thượng Xuyên là "Đức Ông" và đều có lập đền thờ ông. Trong số ấy có Đình Tân Lân (Xóm Mới) ở Biên Hòa, nơi thờ chính tướng Trần Thượng Xuyên, đã được Bộ Văn hóa-Thông tin-Thể thao và Du lịch xếp hạng di tích lịch sử, kiến trúc nghệ thuật cấp quốc gia theo Quyết định số 457/QĐ, ngày 25 tháng 3 năm 1991. Ngoài ra, Đình Minh Hương Gia Thạnh ở Quận 5, Thành phố Hồ Chí Minh cũng có gian thờ ông.